January 27, 2022

¿Qué capacidades de secuenciación en Francia?

La circulación de la nueva variante Omicron, de la cual ocho “Casos posibles” fueron avistados la noche del domingo 28 de noviembre en Francia, ejerce presión sobre los distintos laboratorios encargados de la secuenciación, la única técnica que puede identificar formalmente la naturaleza de un virus. Se trata de leer una a una las aproximadamente 30.000 “letras” del genoma y determinar cuáles son distintas a la lista original y cuáles provocan las mutaciones dando nuevas propiedades al virus.

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Francia, que lleva mucho tiempo atrasado en este método de vigilancia, ha incrementado sus esfuerzos desde principios de año movilizando varios laboratorios, además de los cuatro centros principales ubicados en París, Lyon, Marsella y Créteil. La primera semana de noviembre se determinaron 6.000 secuencias, que representaron alrededor del 10% de los casos identificados entonces. En agosto, sin embargo, se había “leído” el doble de genomas, lo que muestra los posibles márgenes de progreso. El Reino Unido, campeón de la secuenciación con diez veces más secuencias recopiladas que Francia, cubre actualmente alrededor del 20% de sus casos positivos.

Por tanto, este sistema deja huecos, distorsionando el seguimiento de la prevalencia, o incluso la presencia, de nuevas variantes. Por eso, en Francia, todas las semanas se lleva a cabo una operación denominada “flash”, para tener una fotografía más representativa de la situación genómica. Pero recopilar, analizar y procesar lleva tiempo. La última “fotografía” consolidada data del 19 de octubre. Y no detalla la participación de una variante de la variante Delta, AY.4.2, que sin embargo los británicos han puesto bajo vigilancia desde el 20 de octubre y que, en la tercera semana de noviembre, representó el 20% de los casos en el extranjero.

Detección mediante pruebas de PCR

Sin embargo, la secuenciación no es la única arma de vigilancia: algunas pruebas de PCR pueden sugerir indirectamente la presencia de Omicron. De hecho, tienen tres sondas responsables de reconocer tres porciones del genoma viral. Sin embargo, Omicron tiene una mutación que no enciende una de las tres sondas. Este fue también el caso de la variante Alpha, que había llevado a sospechar que su propagación estaba aumentando, antes de las confirmaciones por secuenciación. Estas pruebas de PCR parcialmente positivas, conocidas como ThermoFisher, ya muestran que la variante probablemente esté circulando en Sudáfrica en otros lugares además de la región donde se descubrió inicialmente.

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Pero en Francia, las pruebas se cambiaron en la primavera para apuntar mejor a las variantes Delta, Beta o Gamma, y ​​no tienen esta propiedad. No obstante, pueden indicar una sospecha de presencia, porque Omicron no tiene ninguna de las tres mutaciones de interés que actualmente buscan los PCR de cribado. Por tanto, la Dirección General de Sanidad envió instrucciones, el viernes por la noche, para que las pruebas positivas pero “triplemente negativas” de estas mutaciones sean objeto de una secuenciación, con el fin de confirmar que efectivamente se trata de contaminación por Omicron.